К приходу «костлявой» Амосов так и не смог никогда привыкнуть. Он разработал собственные методы операций, в какой-то мере снижавшие смертность раненых. Николай Михайлович прошел весь путь войны до победы над Германией, а потом участвовал в войне с Японией. За войну награжден четырьмя орденами. В условиях фронтовой жизни он нашел возможность написать свою первую диссертацию. Опыт военного хирурга здесь оказался бесценным подарком судьбы.
Николай Михайлович описывает это время в статье «Моя биография»:
«43-й год. 46-я армия, Брянский фронт. Деревня Угольная, отрезанная снегопадом от большой дороги. В холодных хатах — шестьсот раненых. Высокая смертность, настроение соответствующее. Разрушенные села, работа в палатках, без электричества. Замерзших раненых привозили к нам с передовой целыми колоннами на открытых грузовиках. Мы снимали с машин только лежачих, а тех, кто мог двигаться, отправляли в другой госпиталь. Пока подошел санитарный поезд, накопилось 2300 раненых…
1944 год прошел относительно легко. Поезда ходили регулярно, и трудностей с эвакуацией не было. Тогда же я женился на операционной сестре Лиде Денисенко… Летний прорыв наших войск в Белоруссии. Войска быстро шли вперед, после нескольких переездов подошли к границе Восточной Пруссии. В городе Эльбинг встретили День Победы… Когда пересекли Волгу, надежды на демобилизацию растаяли. Проехав всю Россию, выгрузились в Приморском крае. В августе объявили войну с Японией. Мы приняли легкораненых на границе и двинулись в Маньчжурию. В это время американцы сбросили атомные бомбы, Япония капитулировала. В сентябре нас перевезли в район Владивостока. Здесь госпиталь расформировали: уехали санитары, потом сестры и врачи…»
За годы войны Николай Михайлович приобрел огромный опыт, стал хирургом-виртуозом. На Дальнем Востоке написал несколько научных работ, вторую диссертацию. Раненых прошло через него более 40 тысяч, умерло около семисот: огромное кладбище, если собрать вместе… После расформирования армии он снова оказался в Маньчжурии, лечил больных тифом в лагере военнопленных. В 1946 году Амосов демобилизовался. Нелегко это было, случайно помог С.С. Юдин, заведовавший институтом Склифосовского. После Юдина у нас не было хирурга международного класса: почетный член обществ Великобритании, США, Праги, Парижа, Каталонии, доктор Сорбонны. Побывав с 1948 по 1952 год по доносу в сибирской ссылке, вернувшись, как голодный, набросился на операции. В 1954 году после съезда хирургов Украины, в Симферополе, умер. По ЭКГ — инфаркт, но тромба в коронарных сосудах не нашли. Ему было всего 62 года.
По протекции С.С. Юдина Амосова оставили в Москве. В военкомате выдали на два месяца паек — немного крупы, несколько банок консервов и много буханок хлеба. Жена Лида вернулась для доучивания в пединститут. Почти ежедневно Амосов ходил в медицинскую библиотеку и читал иностранные хирургические журналы. В декабре С.С. Юдин взял Амосова заведовать главным операционным корпусом, для того чтобы он привел в порядок технику. Пришлось вспомнить инженерную специальность: в больнице была кое-какая завалящая аппаратура, и та сломана. Оперировать ему не предлагали, а просить гордость не позволяла. Написал за это время свою, третью уже, кандидатскую диссертацию: «Первичная обработка ран коленного сустава». К счастью, в феврале 1947 года Амосов получил письмо из Брянска от старой знакомой, госпитальной сестры. Она писала, что в областную больницу ищут главного хирурга. Вот где пригодился весь его военный опыт: приходилось оперировать желудки, пищеводы, почки… другие внутренние органы. Особенно хорошо ему удавалась резекция легких — при абсцессах, раке и туберкулезе. Николай Михайлович разработал собственную методику операций.
В 1949 году Амосов выбрал тему для докторской: «Резекция легких при туберкулезе».
